Samotný původ knedlíků je nejasný a dodnes je jablkem sváru mezi Čechy, Němci a Rakušany. Jisté ale je, že samotný výraz knedlík je přejatý z německého „knödel“. A protože vůči poněmčeným výrazům cítili čeští vlastenci a významné osobnosti v čele s Janem Husem jistou dávku nevraživosti, hojně se pro knedlíky využíval také výraz šišky.
První zmínku o knedlících najdeme už v antice a posléze i ve středověku, kde byly pokrmem jak bohatých, tak chudých. Prapůvodní knedlíky vypadaly spíše jako ty naše játrové a vařily se převážně ze směsi masa. Bílá mouka byla tehdy luxusem a přidávala se pouze do drahého bílého pečiva. Knedlíky, jak je známe dnes, se pak v české kuchyni začaly objevovat v 17. století. Ovšem jejich skutečná sláva přišla až s českou gastronomickou průkopnicí a autorkou kuchařek Magdalenou Dobromilou Rettigovou na začátku 19. století.